• benchmark.pl
  • newsy
  • Platforma GPUGRID z akceleratorami Nvidia przyczyniła się do walki z AIDS

Platforma GPUGRID z akceleratorami Nvidia przyczyniła się do walki z AIDS

opublikowano przez Paweł Maziarz w dniu 2012-12-08

Połączona moc kart graficznych

GPUGRID.net platforma Nvidia CUDA logo 

Bioinformatykom z hiszpańskiego instytutu IMIM (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques) i UPF (Uniwersystet Pompeu Fabrs) udało się odtworzyć mechanizm przekształcania nowo utworzonych, niegroźnych cząsteczek w zaraźliwe wirusy, który jest niezbędnym elementem procesu reprodukcji HIV. W badaniach wykorzystano „wirtualny superkomputer” - platformę obliczeń rozproszonych GPUGRID w skład której wchodziły procesory graficzne Nvidia.

Pojedyncze cząstki wirusowe (wiriony) HIV dojrzewają i stają się zaraźliwe wskutek działania konkretnej proteiny, nazywanej proteazą HIV. Opisywana proteina funkcjonuje jak nożyczki, tnąc długi łańcuch protein wirusa HIV na mniejsze elementy, które stanowią strukturę nowych, zaraźliwych cząstek wirusowych. W opinii naukowców biofizyki z grupy obliczeniowej instytutu IMIM-UPF „Jednym z najbardziej interesujących elementów procesu dojrzewania wirusa HIV jest mechanizm tworzenia pierwszej swobodnej proteazy HIV („nożyczek"), ponieważ jest ona również częścią długiego łańcucha wieloproteinowego używanego do tworzenia wirionów HIV”.

Używając oprogramowania ACEMD do symulacji molekularnej i technologii o nazwie GPUGRID, grupa naukowców pod przewodnictwem Gianni De Fabritiisa udowodniła, że pierwsze „proteiny nożyczek” samodzielnie uwalniają się ze środka łańcuchów wieloproteinowych. W tym celu proteiny wiążą jeden z końców (N-terminal) z własnym aktywnym obszarem, a następnie odcinają wiązanie chemiczne łączące je z resztą łańcucha. Jest to pierwszy krok w procesie dojrzewania wirusa HIV. Zatrzymanie rozwoju proteazy HIV podczas procesu dojrzewania poskutkowałoby wstrzymaniem procesu tworzenia zaraźliwych wirionów.

Proces dojrzewania wirusa HIV platforma GPUGRID.net symulacja Nvidia CUDA grafika

Projekt udało się zrealizować dzięki otwartej platformie obliczeń rozproszonych GPUGRID, w której użytkownicy komputerów domowych udostępniają moc obliczeniową swoich akceleratorów graficznych Nvidia – oferujących znacznie większą wydajność od tradycyjnych procesorów centralnych. Platformę tą można więc nazwać wirtualnym superkomputerem, bowiem umożliwia ona połączenie tysięcy takich akceleratorów i uzyskanie bardzo wysokiej mocy obliczeniowej. Ponadto konstrukcje te zmniejszają koszt prowadzenia badań, ponieważ zapewniają moc, która dotychczas była dostępna wyłącznie dla użytkowników tradycyjnych superkomputerów kosztujących miliony dolarów.

Według naukowców, nowe odkrycie dotyczące procesu dojrzewania wirusa HIV otwiera nowe możliwości w branży farmaceutycznej, umożliwiając tworzenie leków wykorzystujących działanie nowo odkrytych mechanizmów molekularnych. Badania zwiększyły wiedzę na temat cyklu rozwoju wirusa HIV, który atakuje i osłabia ludzki system odpornościowy, zwiększając podatność organizmu na różnorodne infekcje. Na zespół nabytego niedoboru odporności chorują obecnie miliony ludzi na całym świecie. Wyniki badań zostały opublikowane w najnowszym wydaniu dziennika PNAS.

Źródło: Nvidia, PNAS

Strefa Windows 8

marketplace

Komentarze

18
Zaloguj się, żeby skomentować
avatar
Dodaj
Komentowanie dostępne jest tylko dla zarejestrowanych użytkowników serwisu.
  • avatar
    Nie wiem po co oni te badania robią jak i tak każdy wie że lek nie powstanie z jednej logicznej przyczyny. Dla koncernów farmaceutycznych lepiej jest jak danej choroby sie nie da wyleczyć a jedynie hamować lekko rozwój choroby. Jakby wyszedł lek który wyleczy AIDS to po paru dniach okazałoby się że jest niebezpieczny, po czym byłby nielegalny we wszystkich krajach świata, wszystkie jego próbki zostałyby zniszczone a osoby odpowiedzialne za jego stworzenie popełniłyby samobójstwo strzelając sobie 5 razy w głowę.
    Zaloguj się
    14
  • avatar
    Sami hejterzy. Ktoś coś zrobi dobrego to i tak trzeba obrzucić gównem. Pewnie dlatego, że to fanboje AMD których nie stać na nic droższego.
    Zaloguj się
    -12
  • avatar
    "Platforma GPUGRID z akceleratorami Nvidia przyczyniła się do walki z AIDS" polska język, trudna język.
    Zaloguj się
    -22
  • avatar
    Panowie bez kurwa wysmiewania miec aids to nie jest kurwa ani trochu smieszne...
  • avatar
    Panowie bez kurwa wysmiewania miec aids to nie jest kurwa ani trochu smieszne...
  • avatar
    Myślałem że Afrykę zaopatrzono w komputery, i ograniczono stosunki kopulacyjne, a tu tworzenie modelu białek ;(