TS-639 Pro posiada także wiele innych funkcji. Obsługuje protokół iSCSI z Thin Provision. Jest to możliwość dołączenia do serwera do 8 urządzeń iSCSI Target, które mogą być wykorzystywane jako rozszerzenie pojemności serwera głównego lub jako miejsce do zapisywania kopii zapasowych z aplikacji zainstalowanych na serwerach znajdujących się w sieci. Funkcja Thin Provisioning umożliwia elastyczny przydział miejsca na serwerze dla aplikacji, niezależnie od rzeczywistej pojemności urządzenia. Poza tym, serwer obsługuje szyfrowanie wolumenu AES 256-bit, które zabezpiecza dane na dysku – dostęp do nich jest możliwy tylko po wprowadzeniu prawidłowego hasła i loginu. Kradzież urządzenia lub dysków nie stanowi zagrożenia dla poufności zapisanych tam Informacji.
QNAP TS-639 Pro obsługuje dodatkowo funkcję Hard Disk Drive S.M.A.R.T. (Self-Monitoring Analysis and Reporting Technology) oraz zapewnia dokładne logi systemowe, które ułatwiają administratorowi zarządzanie urządzeniem i kontrolę pracy użytkowników. Panel LCD pozwala na konfigurację trybu RAID, wyświetlanie informacji o systemie oraz zapewnia podstawową obsługę serwera. W TS-639 Pro zaimplementowane są również uniwersalne funkcje takie, jak: serwer FTP, obsługa DDNS, serwer WWW z wbudowanym phpMyAdmin, Joomla, MysSQL/SQLite, php.ini (możliwość edycji), serwer MySQL oraz serwer wydruku (do 3 drukarek) itp. Wszystkie funkcje są dostępne dla użytkowników systemów Linux, Unix, Mac oraz Windows.
