Połączenie mocy procesorów graficznych Nvidia Tesla z potencjałem przetwarzania w chmurze umożliwiło stworzenie chińskiemu instytutowi BGI w Shenzen usługi EasyGenomics. Pozwala ona w ciągu pięciu godzin uzyskać gotowe wyniki analizy danych uzyskanych z głębokiego sekwencjonowania łańcucha DNA. Technika skierowana obecnie przez biologów i bioinformatyków w przyszłości stanie się dostępna również dla lekarzy i... dla nas.EasyGenomics to usługa dostępna w chmurowym modelu SaaS (Software as a Service). Wersja próbna została ogłoszona na targach BIO-IT World 2012 w Bostonie.Tak przedstawia korzyści z jej dostępności Dr Lin Fang, wiceprezes instytutu - „Zmniejszamy koszty i ułatwiamy sekwencjonowanie łańcuchów DNA, aby zwiększyć dostępność tych procesów dla większej liczby naukowców. Mamy nadzieję, że usługi tego typu doprowadzą do wprowadzenia analizy genetycznej jako praktycznego elementu klinicznej opieki zdrowotnej. Akceleracja oprogramowania przez procesory graficzne umożliwia analizowanie łańcuchów DNA szybciej niż kiedykolwiek. Skróciliśmy czas analizy z pięciu dni do pięciu godzin.”Możliwość analizy DNA konkretnej osoby pozwala na opracowanie terapii idealnie dostosowanej do jej problemów zdrowotnych.Analiza łancuchów DNA wykonywana jest przez procesory Nvidia Tesla M2070 oraz M2075. Firma spodziewa się zainteresowania tysięcy osób i już planuje rozbudowę farmy komputerów.EasyGenomics wykorzystuje oprogramowanie Aspera Connect do transferu danych. Do przeprowadzenia obliczeń w chmurze wykorzystano zmodyfikowaną technikę przetwarzania rozproszonego Apache Hadoop MapReduce. Osiągnięto wydajność porównywalną z oprogramowaniem SOAPdenovo do analizy DNA, przy znacznie mniejszym zapotrzebowaniu na pamięć operacyjną.Wyniki osiągnięte przez BGI we współpracy z Nvidią zbliżają się do wymagań nałożonych przez nagrodę Archon Genomics X PRIZE. Początkowo (w 2004 roku) wymagano, aby w ciągu 10 dni przeanalizowano dokładnie DNA 100 osób w cenie nie wyższej niż 10000 dolarów. Nowe, ogłoszone pod koniec 2011 roku wymagania to wykonanie w ciągu 30 dni sekwencjonowania całego genomu 100 osób w wieku ponad 100 lat w cenie nie przekraczającej 1000 dolarów.EasyGenomics wykorzystuje techniki sekwencjonowania nowej generacji (next-gen sequencing), które pozwalają znacząco zmniejszyć koszty. Dla porównania projekt Human Genome ogłoszony w 1990 roku w ciągu 13 lat przeanalizował dane ludzkiego DNA (3 Gb informacji) w cenie 3 miliardów dolarów.Czas już nie jest problemem, a ostatnią barierą, którą trzeba pokonać, aby usługa EasyGenomics stała się powszechnie dostępna i pomocna w leczeniu ludzi, jest cena. W tym roku, jak twierdzi Sumit Gupta, dyrektor produktów Tesla w Nvidii, spodziewane jest osiągnięcie wspomnianego progu 1000 dolarów za pojedynczą analizę.To już jest duży sukces, biorąc pod uwagę czas w jakim uzyskiwane są wyniki, ale nadal niemało z perspektywy pacjenta. Z drugiej strony, DNA zmienia się w niewielkim stopniu w ciągu życia (pomijamy kwestię mutacji), więc nawet za taką kwotę perspektywa poznania własnego DNA jest kusząca. Tylko czy napewno będziemy chcieli je poznać? Więcej o wykorzystaniu technologii obliczeniowych Nvidia: Nvidia Tesla pomoże Part-Time Scientists stworzyć łazik księżycowy - Google Lunar X PRIZE Tegra i CUDA w środku - hybrydowy superkomputer Nvidia: zaawansowane nowości na konferencji IBC 2011 Cray XK6: superkomputer o wydajności 50 petaflopów Nvidia Tesla - najszybszy procesor na świecie
Źródło: Nvidia
